大棚雙孢菇越冬期一般指當年冬至以后到翌年驚蟄這段時期。這段時期時間長、氣溫低，菌絲處于極緩慢或停止生長階段，有時雖有少量子實體產生，但生產上無多大意義。可視菌層干濕程度采用干越冬和濕越冬兩種方法管理。

干越冬是指大棚雙孢菇在整個越冬期停水，使菇床通風干燥，等待翌年春季管理。

濕越冬是指秋菇生產結束后，床面停止用水，菇棚通風10天至半個月，讓覆土基本干燥。菌床上面打孔，并松動覆土層，使菌層成蜂窩狀。揀掉殘根死菇，平整床面，補上覆土，調水至土層潮濕為止。調水結束蓋上新鮮草木灰，每平方米為2～2.25千克。在晴天、無風天氣，應將菇棚南窗打開2～3小時，在陰天、寒冷天氣，每2～3天開一次窗，時間可以短些，以保持菇棚空氣新鮮。待春節以后，每平方米床面用10千克5%澄清石灰水重調一次，然后按上述辦法通風換氣，直至大棚雙孢菇春季管理為止。